Разразившая катастрофа в Зоне полностью изменила ход игры. Теперь открыты новые территории, а сама местность становится «живой» поглощая свежую энергию. Война между кланами открыла отличные горизонты для дельцов, а двум знаменитым сталкерам предлагают непыльную работу. Организация «Чистое небо» просит отвезти прибор в район Чернобыльской АЭС, не объясняя свои конкретные планы. Друзья отправляются вперед, сталкиваясь не только с ужасными мутантами, но противостоянием Зоны.
